vendredi 22 avril 2011

L’évolution limitée du créationniste Michael Behe


Michael Behe est un des avocats les plus «prestigieux» du «Discovery Institute» l’organisation créationniste qui s’adonne à la promotion du créationnisme connu sous le nom de «Dessein Intelligent». Michael Behe est en effet un Biochimiste très habile pour tenir un discours aux allures scientifique et est donc souvent en tête de ligne pour amener des «arguments» sensés montrer que l’évolution ne peut pas expliquer la complexité du vivant et que donc Dieu un Concepteur Intelligent est à l’origine de celle-ci…..

Michael Behe est loin d’être aussi con qu’un Casey Luskin, et contrairement à ce dernier Michael Behe modère son créationnisme en admettant le fait que les différentes espèces sont apparentées les unes aux autres. Mieux encore contrairement à bon nombre d’autres créationnistes Michael Behe admet non seulement l’existence de mutations pouvant être bénéfiques mais mieux encore admet que certaines mutations peuvent amener à de nouvelles fonctions et pourquoi pas à de nouvelles protéines!

Mais alors me direz-vous, si Michael Behe admet toutes ces choses comment peut-il être un avocat d’un mouvement créationnistes niant que l’évolution est à l’origine de la biodiversité et de la complexité du vivant que nous connaissons aujourd’hui? Simple! Michael Behe prend soin de ne quasiment jamais directement nier les faits scientifiquement établis ou alors si il le fait c’est d’une manière très détournée et subtile (en se contentant par exemple de simples sous-entendus). Par exemple comme déjà dit Michael Behe ne va pas nier que certaines mutations peuvent générer l’apparition de nouvelles protéines et de nouvelles fonctions. En fait Michael Behe va savamment s’attaquer aux points où des inconnus ou plutôt des imprécisions subsistent. Puis une fois que notre biochimiste créationniste a mis le doigt sur les inconnus et/ou imprécisions en question, il amplifie la portée de ces dernières pour affirmer que l’évolution n’est pas formellement prouvée ou trop improbable et donc que la complexité du vivant s’expliquerait bien mieux par l’intervention de Dieu d’un Concepteur Intelligent.

Un bon exemple est la demande irréaliste que Michael Behe adresse aux biologistes pour expliquer l’évolution du système immunitaire des vertébrés. Michael Behe demandant en effet qu’on lui explique l’évolution du système immunitaire étape par étape c’est-à-dire mutation par mutation ainsi qu’en décrivant la taille des populations dans lesquels se sont produites ces mutations, les effets exactes des mutations en question au niveau du Fitness, etc, etc….. Voir le témoignage de Michael Behe au procès de Dover.

Bien évidemment Michael Behe sait que sa demande est impossible à satisfaire car l’évolution du système immunitaire des vertébrés est un événement historique lointain s’étant produit au sein de populations qui n’existent plus et dont nous ne pouvons qu’ignorer le nombre exact et tous les autres paramètres que Michael demande à avoir pour être convaincu. Ainsi même si des explications existent et démontrent comment le système immunitaire des vertébrés a pu évoluer dans les grandes lignes avec cependant quelques explications détaillées intéressantes, des inconnues subsistent. Néanmoins des prédictions et des modèles susceptibles d’être confirmés peuvent être effectués. Mais Michael Behe n’en a cure et pour ne surtout pas admettre les explications en question, il s’adonne à une demande impossible en prétendant qui plus est que cela valide son «Dessein Intelligent» qui pourtant ne propose strictement aucun modèle d’aucun mécanisme explicatif que ce soit! Cherchez l’erreur!

Il existe donc une malhonnêteté profonde dans la démarche de Michael Behe, celui-ci s’adonnant à une critique hypertrophié des connaissances acquises en biologie de l’évolution en soutenant l’idée fallacieuse voulant qu’à partir du moment que l’on n’a pas tout expliqué dans les plus infinis détails alors cela reviendrait à dire que l’on aurait rien expliqué et donc rien démontré. La meilleure résident dans le fait que le créationnisme auquel adhère Michael Behe n’amène pas l’ombre d’une explication, l’idée étant de faire croire que la biologie de l’évolution est à égalité en matière de mécanismes explicatif avec le créationnisme ce qui là encore est on ne peut pas plus faux.

Michael Behe et «la première règle de l’évolution adaptative»

Michael Behe a bien conscience qu’il ne peut se contenter d’affirmer «que si l’on ne peut pas expliquer tous les événements historiques en détails rien ne prouvent que ceux-ci ont bien eu lieu». Michael doit aller plus loin dans sa démarche visant à amener des «preuves» que l’évolution de la complexité est ne peut se faire car l’évolution aurait d’importantes limites. Pour ce faire Michael Behe affirme qu’il est statistiquement trop improbable que les populations voient évoluer un gain de complexité en leurs sein car la majorité des mutations conférant une adaptation diminuerait la complexité des organismes vivants dont sont constituées ces populations. Cette adaptation par la perte de fonctionnalité serait selon Michael Behe la forme d'évolution adaptative la plus fréquente ce que Michael Behe nomme «la première règle de l'évolution adaptative».

Michael Behe a même eu l’occasion d’expliquer en détails son «argument» dans un papier qui fut publiée par le journal scientifique nommé The Quaterly Review of Biology. Dans ce papier Michael Behe affirme que les populations d’organismes notamment de bactéries, s’adaptent le plus souvent aux changements environnementaux par la fixation de mutations supprimant certaines fonctions. Par exemple Michael Behe soulignant que les expériences en laboratoire consistant à observer des bactéries évoluées sur plusieurs générations, montrent que celles-ci s’adaptent à leur milieux en diminuant l’activité de certaines enzymes, voir mêmes en perdant certaines enzymes voir mêmes certains gènes. Michael parle de perte d’éléments codant fonctionnels (FCTs pour Functional Coding ElemenTs) pour décrire les fonctions enzymatiques, et donc de Loss-of-FCT, pour décrire les mutations induisant une perte et/ou une diminution d’activité enzymatiques et de gain-of-FCT pour décrire les mutations où celles-ci augmentent en fonctionnalité.

Cependant Michael Behe a bien conscience du fait que sa présente argumentation comporte une faiblesse. En effet les souches bactériennes dont les chercheurs observent l’évolution en laboratoire, évoluent dans des environnements relativement stables par apports aux conditions que rencontrent les bactéries en milieu naturel. Or il s’avèrent qu’un environnement stable favorise les adaptations par la perte de certaines fonctions tandis que les environnements s’opposent aux pertes en question.

Face cette faiblesse évidente de son «argumentation» Michael Behe se contente d’affirmer qu’il est probable que les adaptations ayant cours dans la nature se fassent également en majorité par la perte de certaines fonctions, le tout justifier par deux ou trois exemples telle que la résistance au paludisme qu’ont développé certaines populations humaines et impliquant dans la majorité des cas (mais pas dans tous) ce que Michael Behe appelle une perte de fonction.

Cependant aillant conscience de la limite de son argumentation en matière d’évolution sur le long terme, Michael Behe prend soin de conclure son papier en affirmant que certes le mode d’évolution à court terme consistant majoritairement en des pertes de fonction peut avoir une influence non-négligeable sur l’évolution à long terme, mais que sur le long terme de nombreuses mutations ajoutant de nouvelles fonctionnalités ont pu se produire.

Ainsi dans la publication en question Michael Behe prend soin de ne pas affirmer que son «argumentation» réfute le fait que la complexité du vivant ait pu se produire par les divers mécanismes évolutifs connus. Et pour cause il ne peut objectivement pas affirmer avoir prouvé que c’est impossible et encore moins avoir d'avoir réfuté les divers éléments prouvant que cette évolution a eu lieu. Cependant l’organisation créationniste à laquelle Michael Behe appartient cite en grande pompe l’étude de Michael Behe comme réfutation de la Macroevolution, et encore une fois c’est à Casey Luskin que nous devons cette interprétation amusante du papier de Michael Behe via une analogie des plus grotesques.

Considérons un ordre hypothétique d'insectes - appelons-les Molecularevolutionoptera. Maintenant, imaginons que les scientifiques de découvrent qu’il existe 1 million d'espèces c de Molecularevolutionoptera, et que le taux d'extinction des espèces appartenant à cet ordre est de 1000 espèce de Molecularevolutionoptera par millénaire. D’un autre côté les scientifiques déterminent également que le taux de spéciation est de seulement 1 espèce par millénaire. Dans un tel cas, il y aura une perte nette de 999 espèces tous les 1000 ans. Mathématiquement parlant à ce rythme-là il ne devrait plus y avoir aucune espèce de, par 1.000.001 années à partir de maintenant, il devrait y avoir aucune espèce de Molecularevolutionoptera encore en vie sur la terre au bout de 1000'001 années.
Si l'article de Behe est dans le vrai, alors l'évolution moléculaire est dans le monde réel confrontée à un problème similaire. Rappelez-vous que Behe a constaté que "le taux d'apparition d'une mutation adaptative qui découleraient de la diminution ou de la suppression de l'activité d'une protéine devrait être de à 100-1000 fois le taux d'apparition d'une mutation adaptative qui exige des changements spécifiques à un gène. " Si des adaptations amenant à des pertes/modifications, de-FCT sont 100 à 1000 fois plus susceptibles d’arriver que des adaptations amenant un gain-de-FCT, la logique veut que finalement un type d’organismes évoluant ainsi se voit à terme dépourvue de FCTS à perdre ou à modifier.
En bref, le résultat logique mis en avant par Behe est que certains processus autres que la sélection naturelle et les mutations aléatoires, doivent être générateurs de nouveaux FCTS. Si l'évolution darwinienne est à l'œuvre, elle tend à supprimer les FCTS beaucoup plus vite qu'il les crée - quelque chose d'autre doit donc entrer en compte pour générer de nouveaux FCTS.
Les éléments de preuve cités par Behe ne dépeignent pas un état de fait favorable aux promoteurs de l’évolution moléculaire darwinienne.
Evolution News and Views

Il y en réalité deux choses qui sont grotesques dans les présents propos de Casey Luskin. Il y a premièrement l’analogie avec le différentiel de disparition et d’apparition de nouvelles espèces, puis il y a la non-prise en compte de la dérive génétique qui aujourd’hui est pleinement intégré à l’évolution moléculaire qui ne se limite donc pas à une version strictement «darwinienne» voulant que la sélection soit le facteur largement prépondérant dans la fixation des mutations. En réalité l’on sait aujourd’hui que l’évolution neutre est très importante et nous verrons plus bas dans le présent message, en quoi celle-ci est cruciale dans les innovations évolutives comme l’apparition de nouvelles protéines.

Mais donc comme déjà dit c’est également l’analogie à laquelle s’adonne Casey Luskin, qui est foireuse. Car avec son histoire de groupe d’espèce disparaissant plus rapidement qu’il ne donne naissance à de nouvelles espèces, Casey Luskin use d’un exemple imaginaire bien différent de la chose dont parle Michael Behe dans son papier. En effet Michael Behe parle de populations d’organisme doté de fonctions particulières, ces populations vont évoluer et se diviser en différentes sous-populations dont la plupart par adaptations à de nouveaux milieux, selon verront certaines de leurs fonctions diminuée et/ou disparaître, et seule une minorité de ces sous-populations verront apparaître de nouvelles fonctions. Mais donc Michael Behe n’affirme pas que les fonctions présentent dans les populations initiales ne persisterons pas dans certaines populations aux moins. Pour mieux comprendre observons le schéma suivant comparant l’«argumentation» de Michael Behe (à gauche) à l’analogie de Casey Luskin (à droite).

 À gauche nous un schéma simplifié mais valide du modèle adaptatif proposé par Michael Behe dans son papier. (1) Soit une population d’organisme initiale doté d’une fonction F. La population initiale se diversifie en plusieurs sous populations s’adaptant à de nouveaux milieux environnementaux (2) on constate que toutes les sous-populations se sont adapté en perdant la fonction initiale (P pour Perte), à l’exception d’une seule sous-population qui s’est adapté par un gain de fonctionnalité (G pour Gain), la fonction F inchangé elle demeurant au sein de la population initiale. Ainsi nous constatons qu’au final (3) nous avons un accroissement de la biodiversité, avec persistance d’une population disposant de la fonctionnalité F initiale, de nombreuses nouvelles populations P ayant perdu cette fonction et une nouvelle population G ayant eu un gain de fonctionnalité.
À droite nous avons l’analogie de Casey Luskin, à savoir en (1) plusieurs espèces initiales représentées ici par les lettres A, B, C, D, E, F, G, H, I, J. Puis selon le modèle proposé par Casey Luskin la quasi-totalité des espèces disparaissent (2) à l’exception d’une espèce (l’espèce J) qui donne naissance à une nouvelle espèce (espèce K). Ainsi au final (3) nous nous retrouvons avec seulement deux espèces, la biodiversité a donc diminué.

Ainsi l’analogie de Casey Luskin ne tient pas car celui-ci implique la perte de la diversité initiale chose que ne soutient nullement le modèle adaptatif proposée par Michael Behe! Notons également que l’analogie de Casey Luskin serait toujours aussi foireuse même si nous admettions le chiffre de 1000 perte de fonctions pour 1 gain de fonction!

Par ailleurs Casey Luskin (et plus généralement l’organisation créationniste à laquelle appartiennent lui et Michael Behe) semble soutenir que le papier de Michael Behe prouve l’existence d’une limite en matière d’évolution, limite qui interdirait donc la complexification du vivant et plus généralement la macroévolution. Pourquoi? Simplement parce que selon ces créationnistes, si la majorité des adaptations se font par la perte de fonctionnalité, alors la petite minorité de populations s’étant adapté par un gain de fonctionnalité ne pourront pas s’imposer face à la ribambelle de populations ayant perdu des fonctions.

Cependant là encore Michael Behe prend soin de ne pas affirmer ceci dans son papier et pour cause Michael Behe sait parfaitement que «sa première règle de l’évolution adaptative» se heurte aux contraintes que subissent les populations d’organismes sur le long terme en milieu naturelle.

À ce titre je me permet de mentionner un scientifique qui fut très influent dans la compréhension de l’évolution à savoir le regretté paléontologiste Stephen Jay Gould.

Je mentionne Stephen Jay Gould car celui-ci avait proposé un modèle macroévolutif qui rend potentiellement compatible «la première règle de l’évolution adaptative» proposée par Michael Behe et la macroévolution et la complexification du vivant.

En effet Stephen Jay Gould avait proposé un modèle hiérarchique de sélection. Ce modèle hiérarchique de sélection stipule que les populations et même les espèces peuvent être, dans une certaine mesure, être considérées comme des «individus darwiniens», c’est-à-dire être elles-mêmes être soumises à la sélection «en tant que tout». Par exemple si au sein d’une population «F», les individus porteurs de variations «P» ont, en raison des pressions sélectives locales, d’avantage de chances d’être positivement sélectionnés que les individus porteur de variations «G», alors nous aurons d’avantage de chance de voir apparaitre à terme des populations constituée d’individus porteurs de la variante «P». Mais cela ne peut être valable qu’à l’échelle locale et sur des durées de temps limitées. Car sur le long terme il est possible que la variation «P» soit moins avantagé que la variation «G». Et c’est là que va s’effectué une sélection non plus seulement sur les individus mais sur les populations (voir éventuellement sur les espèces). Sur le long terme les populations porteuses de la variation «P» vont être désavantagé en peut-être même disparaitre là où les populations porteuses de la variation «G» vont de leur côté subsisté voir même prospéré.

Concrètement cette différence entre la sélection à petite et grande échelle spatiale et temporelle, peut s’illustrer via les espèces généralistes et les espèces spécialisées. En effet la sélection naturelle peut favoriser à court terme l’adaptation de certaines populations/espèces, à des environnements très spécifiques. C’est le cas du Koala adapté à un régime alimentaire quasi-unique et spécifique à son milieu. Le problème est que sur le long terme ces espèces risquent d’être défavorisées car ces espèces sont tellement adaptées à leur milieu spécifique que tout changement environnemental modifiant celui-ci peut condamner à mort l’espèce spécialisée en question. À l’inverse les espèces généralistes ayant par exemple un régime alimentaire plus souple et varié comme c’est le cas du Raton-Laveur a d’avantage de chance de survivre à long terme car d’avantage susceptible de s’adapter à des changements environnementaux mêmes majeurs.

Or cela peut également être vrai avec la question des pertes et gains de fonctions que traite Michael Behe dans son papier. En effet les organismes perdant des fonctionnalités pour s’adapter à des contraintes environnementales locales ne risquent-ils pas d’être désavantagés sur le long terme si l’environnement venait à changer là où les organismes ayant conservé leur fonctionnalité initiale voir même eu un gain de fonctionnalité seraient positivement sélectionné sur le long terme via les changements environnementaux en question? Comme déjà mentionné précédemment cela est bel et bien le cas, les changements environnementaux limitant les pertes de fonctionnalités chez les organismes vivants. Pour mieux comprendre ce qui a été discuté ici, reprenons l’illustration précédente du modèle de Michael Behe et prolongeons-le par deux étapes supplémentaires.

À gauche le modèle adaptatif de Michael Behe à droite l’analogie qu’en a fait le créationniste Casey Luskin. Nous remarquons qu’à l’étape (3) nous n’avons chez Casey Luskin plus que deux espèces, Selon l’analogie de Casey Luskin le taux d’extinction est si supérieur au taux de spéciation que les deux dernières espèces restantes s’éteindront (4) pour donc au final ne plus laissé aucune espèce vivante (5).
Nous remarquons qu’à l’étape (3) le modèle de Michael Behe a mené à une augmentation de la biodiversité, même si la grande majorité de cette augmentation s’est faite par l’apparition de sous-population ayant perdu la fonctionnalité de la population initiale. Mais donc si ces sous-population P ayant perdu leur fonctionnalité sont défavorisé à long ou moyen terme elles risquent fort de disparaître (4). À l’inverse la population F ayant conservé la fonction initiale à plus de chance de survivre sur le long terme, il en va de même pour la population G s’étant adapté par un gain de fonctionnalité, ainsi au final si les populations P ont disparu les populations F et G ont toutes leur chance de subsister (5). Ainsi à l’inverse de l’analogie proposé par Casey Luskin la biodiversité et la complexité peut malgré tout augmenter avec le modèle adaptatif proposé par Michael Behe.

Bref ainsi contrairement à l’analogie de Casey Luskin la première règle de l’évolution adaptative proposée par Michael Behe ne s’oppose pas à la diversification et même à la complexification du vivant et cela même si, on s’en doute, Michael Behe savait que son papier allait être utilisé par l’organisation créationniste à laquelle il appartient pour soutenir une bêtise pareille.

Mais nous pouvons également mentionner une deuxième critique majeure à l’argumentation de Michael Behe. À savoir le fait que certaines mutations conférant une perte de fonctionnalité et parfois même des mutations faiblement délétères peuvent se fixer au sein de certaines populations et facilité l’apparition de nouvelles fonctions adaptative chose qu’a notamment théorisé le généticien Michael Lynch. Mais avant d’expliquer cela plus en détails il nous faut revenir sur une autre publication de Michael Behe.

Michael Behe et les «adaptations improbables»

En 2004 Michael Behe aide par un professeur de physique nommé David Snoke, publièrent un papier dans lequel, ils prétendaient démontré le caractère improbable de l’évolution de nouvelles protéines. Michael Behe réitéra cet «argument» dans un de ses livres paru en 2007 et intitulé «The Edge of Evolution».

Dans ces différents écrits Michael Behe soutient que l’évolution ne peut qu’être grandement limitée car par exemple l’évolution de nouvelles capacité, de nouvelles protéines donc de nouveaux caractères nécessiterait souvent plusieurs mutations.

En effet Michael Behe rappelle que par exemple, pour que de nouvelles fonctionnalités apparaissent, il faut souvent que plusieurs mutations spécifiques se produisent sur une séquence d’ADN particulières. Or selon Michael Behe il est extrêmement improbable que pareille fonctionnalité puissent donc évoluer. Car Michael Behe rappelle qu’il n’existe pas d’avantage sélectif tant que la séquence d’ADN concerné n’a pas acquis toutes les mutations amenant à l’apparition de la nouvelle fonction. Aussi selon Michael Behe l’évolution de fonctions demandant plusieurs mutations est tellement improbable qu’il n’y a aucune raison de penser que celle-ci ait effectivement eu lieu (voir schémas-ci-dessous). L’apparition de nouvelles fonctions devant s’expliquer par un autre phénomène que le couple mutations/sélection. Pour Michael Behe c’est autre «phénomène» serait l’intervention de Dieu d’un concepteur intelligent cela va sans dire.

 L’apparition de nouvelles fonctions à partir d’une séquence d’ADN fonctionnelle demande parfois que plusieurs modifications génétiques (mutations) aient lieu. Ainsi si l’apparition d’une nouvelle fonction nécessite cinq mutations particulières sur une séquence d’ADN donné ce qui est en soit un événement très improbable statistiquement parlant. Selon Michael Behe pour que la nouvelle fonction émerge il faudrait en effet soit que chaque mutations se produisent l’une après l’autre au fil des générations c’est-à-dire par plusieurs étapes où la séquence d’ADN n’aurait aucune fonction avec à la clef un possible désavantage sélectif des étapes intermédiaires en question (A). Soit il faudrait que les cinq mutations se produisent simultanément amenant donc à l’apparition de la nouvelle fonction ce qui est là aussi hautement improbable (B).

Bien évidemment cette «argumentation» de Michael Behe fut également critiquée et même mis à mal par un exemple contredisant son assertion selon laquelle une nouvelle fonction impliquant plusieurs mutations était un événement trop improbable pour avoir lieu. En effet des chercheurs constatèrent pareille chose au sein d’une population de plasmodiums responsables du paludisme ayant acquis une résistance aux médicaments via la fixation de plusieurs mutations spécifiques. Michael Behe aillant conscience de voir son argumentation mis à mal réitéra néanmoins cette dernière en rappelant que les plasmodiums forment des populations se reproduisant très rapidement et en très grand nombre. Michael Behe affirmant que sur les milliards de Plasmodiums il n’était pas aussi improbable de voir apparaitre plusieurs mutations simultanément, cependant selon Michael Behe cela n’est pas vrai chez les organismes multicellulaires de grandes tailles comme les vertébrés qui sont nettement moins nombreux et se reproduisent bien moins rapidement. Il est trop improbable selon Michael Behe que ces organismes aient pu donc évoluer selon des mécanismes «darwiniens».

Cependant là encore Michael Behe allait voir son «argumentation» mise à mal. Parmi les critiques en question on peut mentionner le généticien Michael Lynch qui rappela à Michael Behe que l’évolution n’est pas uniquement «darwinienne» donc qu’elle ne se limite pas au seul couple mutations/sélections mais qu’il existe un facteur très important dans l’évolution de nouvelles adaptations à savoir la dérive génétique. Il paraît de prime abord surprenant de mentionner la dérive génétique pour expliquer l’apparition de nouvelles adaptations tant celle-ci renvoie à juste titre à une évolution que l’on qualifierait de non-adaptative. Oui mais non nous dit Michael Lynch. En effet Michael Lynch rappelle que la dérive génétique mène à la fixation de nombreuses mutations qui n’ont soient aucun effet sur les organismes en question ou alors même à la fixation de mutations faiblement délétères mais parvenant donc malgré tout à se fixer au sein de certaines populations voir même chez certaines espèces.

Ainsi le généticien Michael Lynch a rédigé une critique détaillée du papier que Michael Behe avait rédigé avec David Snoke, Michael Lynch rappelant que Michael Behe ne prend pas en compte comme il se doit la dérive génétique. Michael Lynch rappelant que de nombreuses mutations peuvent se fixer au cours des générations au sein des populations d’organismes. Ces mutations pouvant pour certaines constitué les fameuses étapes intermédiaires susceptibles de mener parfois à l’apparition de nouvelles fonctions (voir schéma précédent). Michael Lynch rappelant donc à juste titre que ces nombreuses mutations qui se fixe par la simple dérive génétique sont souvent neutre sur le plan sélectif.

Michael Behe et David Snoke répondirent aux critiques de Michael Lynch en affirmant que celles-ci n’étaient pas valides notamment parce que leur «argumentation» (celle de Michael Behe et David Snoke) partait du postulat que les étapes intermédiaire étaient délétères et donc ne pouvaient perdurer au sein des populations car éliminer par la sélection naturelle. Mais donc de par leur réponse à Michael Lynch, Behe et Snoke confirment la pertinence de la critique faite par Michael Lynch, car contrairement à leur postulat de départ de nombreuses mutations sont neutres sur le plan sélectif et se fixe au sein des populations les faisant divergées les unes des autres au fil des générations. Mieux Michael Behe peut même constater que des mutations rendant des gènes inactifs peuvent se fixer au sein des populations d’organismes multicellulaires complexes. Michael Behe l’admet lui-même dans son livre «The Edge of Evolution» où il cite lui-même l’exemple du pseudogène nommé GULOP, ce pseudogène est issu d’un gène fonctionnel nommé GULO et qui permet aux organismes qui en sont pourvu de synthétiser eux-même leur vitamine C. Or le gène GULO a muté et a donc été rendu inactif chez de nombreux des primates (dont nous-mêmes) et qui fait que contrairement à la majorité des mammifères nous sommes obligés de nous procurer la vitamine C par notre alimentation. Cela prouve que la dérive génétique ou encore ce qu’on appelle également l’évolution neutre, peut mener à la fixation de nombreuses mutations neutres sur le plan sélectif voir même faiblement délétères car menant à la perte de certaines fonctions pourtant utiles. Cela allant dans le sens de l’argumentation du généticien Michael Lynch et aillant été confirmé par d’autres études notamment une étude suggérant que certaines adaptations peuvent passer par des stades intermédiaires où les organismes seraient porteurs de variations génétiques délétères conférant parfois un pont potentiel pouvant mener à des innovations adaptatives.

Mais malgré ces différentes explications contredisant son idée d’évolution intrinsèquement limité, en bon représentant de l’organisation créationniste nommée «Discovery Institute» Michael Behe refuse bien évidemment d’admettre que son argumentation est d’une grande faiblesse et même dans une certaine mesure fallacieuse. En effet dans un article qu’il a rédigé sur l’un des sites de propagande du «Discovery Institute», Michael Behe mentionne deux choses concernant l’évolution des populations d’analysé dans l’expérience de Lenski. Premièrement Par exemple Michael Behe affirme que l’étude de Joseph Thorton ou encore celle de Richard Lenski, confortent son idée de macroévolution grandement limitée car les deux études en question démontrent comment une nouvelle protéine et/ou adaptation nécessite parfois la fixation préalable de plusieurs mutations neutres et/ou faiblement délétères sur le plan sélectifs. Bref Michael Behe se réfère des études ayant montré l’existence de contraintes dans l’évolution des organismes, cela confortant ce même Michael Behe a affirmé que cela va dans le sens d’une évolution limitée.

Le problème étant ici que Michael Behe ne voit que des contraintes là où il existe également des opportunité puisque donc si il faut que plusieurs mutations neutres aient lieu pour l’apparition de certaines adaptations cela est donc bel et bien observé par le dénommé Richard Lenski que Michael Behe cite lui-même. En effet Richard Lenski a constaté qu’une lignée de bactéries nommées Escherichia coli, a acquis une variation bénéfique sur un gène nommé rpoB et qu’une autre lignée ne l’a pas acquise quand bien même aillant évolué dans un milieu similaire. Richard Lenski ayant mis en avant que si la deuxième lignée n’a pas pu acquérir cette variation c’est parce qu’elle n’avait pas au préalable vu se fixer une mutation neutre particulière. Michael Behe déduit que cela prouve que l’évolution est limité alors qu’en réalité cela prouve simplement l’existence de contraintes évolutives particulières, car ce n’est pas parce qu’une lignée n’a pas acquis la variation bénéfique sur le gène rpoB que la lignée en question n’a pas évolué et/ou ne peut pas évolué. Cela ne peut d’ailleurs non plus pas être invoqué comme impossibilité de l’évolution de variations bénéfiques demandant plusieurs mutations dans la nature. Mais donc pour valider son idée d’évolution limité Michael Behe ressort le fait majorité des mutations adaptatives de l’expérience de Richard Lenski, correspondent à des pertes de fonctionnalités, or là encore comme cela a déjà été expliqué plus haut cela ne constitue pas une réfutation de la complexification des organismes vivant dans la nature.

Aussi Michael Behe baratine mais ne justifie jamais son idée via des éléments concrets (comme par exemple une population d’organismes qui n’évolueraient plus car ayant atteint la limite imaginaire que Michael Behe semble promouvoir) pire il n’intègre pas à son raisonnement des élément importants à commencer par le fait que dans la nature les populations organismes voient s’accumuler dans leur génome de nombreuses mutations neutres voir même faiblement délétères représentant autant de conditions préalables potentielles à l’apparition d’adaptations complexes.

Il y a d’ailleurs une réflexion personnelle que je tiens à ajouter et qui constitue selon moi une faiblesse majeure de l’argumentation de Michael Behe est de n’avoir jamais pu montrer l’existence de la moindre limite en matière d’évolution. En effet lorsqu’une population d’organisme se divise en deux populations, celles-ci divergent évoluant chacun de son côté en accumulant diverses mutations pour la plupart neutre et se fixant au gré de la dérive génétique. C’est quelque chose d’indéniable. Michael Behe doit le savoir, or si les mutations continuent à s’accumuler nous atteindrons irrémédiablement un degré de divergence génétique correspondant à celui qui sépare l’homme du chimpanzé et d’avantage au fil des dizaines de millions d’années.

Notons également que contrairement à Casey Luskin il semble bel et bien que Michael Behe admette que l’homme et le chimpanzé soient apparentés c’est-à-dire qu’ils partagent un ancêtre commun. Nous savons que nous partageons plus de 98% de notre ADN avec le chimpanzé (environ 96% si l’on considère comme les différences dans le nombre séquences dupliquées mais donc nous parlons de séquences identiques donc 98,5% reste un chiffre valide). Michael Behe ne nie donc pas qu’une population ancestrale a divergé en deux sous-populations l’une ayant mené au Chimpanzé et au Bonobo, l’autre ayant mené à l’espèce humaine ainsi qu’au diverses espèces d’hominidés aujourd’hui disparues.

                     
Michael Behe admet que l’homme et le chimpanzé partagent un ancêtre commun. D’autre part Michael Behe n’a jamais nié et/ou démontré que deux populations séparé l’une de l’autre pendant des millions d’années ne vont pas accumuler chacun de nouveaux variant génétiques aboutissant à une séparation similaire à celle que l’on observe chez les deux espèces ci-dessus et plus encore si la divergence se poursuit pendant des dizaines de millions d’années. Mais donc si pareille divergence génétique dont les effets peuvent donc de toute évidence être important sur la biologie des espèces (la majorité de protéines du chimpanzé et de l’homme diffèrent sensiblement) et que Michael Behe ne nie pas et/ou n’apporte aucun élément réfutant les multiples élément avérant pareille divergence entre deux populations séparée pendant plusieurs millions d’années, alors c’est que Michael Behe a bel et bien échoué à amener le moindre élément réfutant la macroévolution.

Michael Behe admet également que sur une période comprise entre 5 et 10 millions d’années de nombreuses mutations aient pu se fixer et jamais il n’a prétendu que pareille lapse de temps n’est pas suffisant pour voir apparaitre la divergence génétique que nous constatons entre l’homme et le chimpanzé. Michael Behe ne peut non plus pas nier que chaque nouveau-né humain est porteurs de plusieurs dizaines de mutations et peut-être même entre 150 et 175 nouvelles mutations, et que donc les populations aient ainsi pu divergé. Michael Behe ne peut non plus pas nier le fait que si les protéines présentes chez le chimpanzé et l’humain sont très similaires elles présentent néanmoins pour la grande majorité de menus différences non sans conséquence sur la biologie des deux espèces concernées. Enfin Michael Behe n’a jamais pu et ne peut démontrer que le paquet de variations génétiques différenciant l’homme du chimpanzé soit apparu autrement que par les mécanismes aillant cours en génétique des populations. Michael Behe nous propose-t-il une méthodologie pour nous montrer en quoi au moins certaines des divergences génétiques entre l’homme et le chimpanzé n’ont pas pu apparaitre et se fixer par mutation + sélection + dérive génétique? Comment Michael Behe peut-il affirmer que cela n’aurait pas pu se faire selon ces mécanisme alors que les divergence génétiques entre populations se font selon ces mécanismes observé et que mieux encore ces mécanismes sont également responsable des divergences protéiques existant entre les différentes populations/individus humains eux-mêmes?

Si Michael Behe n’a aucune élément réfutant le fait observé voulant que deux populations séparées l’une de l’autre vont divergé en accumulant au fil du temps de nouvelles variations chacune de leur côté et si il admet que des mutations neutres peuvent se fixer et se fixent continuellement au fil du temps et que parfois même des mutations faiblement délétères peuvent se fixer, alors ce même Michael Behe n’a amener aucun argument probant de l’existence d’une limite à l’évolution ou encore de l’impossibilité de la complexification du vivant.

L’idée centrale de Michael Behe selon laquelle l’évolution serait limitée ne se base donc sur rien de concret si ce n’est une mauvaise compréhension probablement volontaire, des mécanismes ayant cour en génétique des populations ainsi que sur une habile gymnastique rhétorique.

Références:

Michael Behe (2010), Experimental Evolution, Loss-of-Function Mutations, and “The First Rule of Adaptive Evolution, The Quarterly Review of Biology

Stephen Jay Gould (2002), La structure de la théorie de l’évolution, Éditions Gallimard 2006

Michael Lynch (2010), Scaling expectations for the time to establishment of complex adaptations, Proceedings of the National Academy of Sciences

Michael J. Behe and David W. Snoke (2004), Simulating evolution by gene duplication of protein features that require multiple amino acid residues, Protein Science

Orkun S. Soyer and Thomas Pfeiffer, Evolution under Fluctuating Environments Explains Observed Robustness in Metabolic Networks, PLoS ONE

Michael Lynch (2005), Simple evolutionary pathways to complex proteins, Protein Science

Michael J. Behe and David W. Snoke (2005), A response to Michael Lynch, Protein Science

Nanhua Chen and al (2003), pfcrt Allelic Types with Two Novel Amino Acid Mutations in Chloroquine-Resistant Plasmodium falciparum Isolates from the Philippines, Antimicrobial Agents and Chemotherapy

Joseph W. Thornton and al (2009), An epistatic ratchet constrains the direction of glucocorticoid receptor evolution, Nature

Robert J. Woods and al (2011), Second-Order Selection for Evolvability in a Large Escherichia coli Population, Science

Jeffrey E. Barrick and al (2010), Escherichia coli rpoB Mutants Have Increased Proportion to Their Fitness Defects, Molecular Biology and Evolution

Margarita V. Meer and al (2010), Compensatory evolution in mitochondrial tRNAs navigates valleys of low fitness, Nature

Michael W. Nachman and Susan L. Crowell (2000), Estimate of the Mutation Rate per Nucleotide in Humans, Genetics

The Chimpanzee Sequencing and Analysis Consortium (2005), Initial sequence of the chimpanzee genome and comparison with the human genome, Nature

Galina Glazko, Vamsi Veeramachaneni, Masatoshi Nei and Wojciech Makayowski (2004), Eighty percent of proteins are different between humans and chimpanzees, Gene

Anjie Zhen and al (2009), A Single Amino Acid Difference in Human APOBEC3H Variants Determines HIV-1 Vif Sensitivity, Journal of Virology